囊肿继发感染后，患者表现寒颤，发热，腰痛，也可有尿频、尿急或尿痛，血培养阳性，尿细菌培养亦可阳性。
CT示囊肿CT值较无感染囊肿CT值增高，囊壁增厚，注射血管造影剂后囊壁显影增强。囊肿位于肾上、下极或侧缘者，在B超引导或CT引导下穿刺抽吸囊肿液送常规检查及细菌培养，用生理盐水冲洗囊腔。
一般穿刺抽吸后体温可以下降，隔2～3天再次穿刺冲洗，直至囊液清亮，体温降至正常。
同时应用有效抗生素，应考虑药物的囊肿穿透性：青霉素类、氨基甙类和先锋霉素类抗生素易进入来源于近端肾单位的囊肿，不易进入远端肾单位的囊肿。
而红霉素、氯霉素、四环素、氯洁霉素、TMP均易进入近端和远端肾单位的囊肿。如果囊肿反复穿刺冲剂配合有效抗生素静脉用药一般2～3周可控制感染。如囊肿不能穿刺抽吸则有效抗生素需8周或更长时间才能控制。