先天性食管疾病有以下几种情况：
1，食管闭锁。因胎儿发育过程受影响，未形成管形所致。
2，食管闭锁合并气管食管瘘。其中以食管上端闭锁而下端与气管相通形成瘘者最为常见，约占90%。
3，气管食管瘘。无食管闭锁，但食管与气管有瘘道相通。
4，双腔食管。
5，食管憩室。前三种疾病多见于早产儿。
胚胎发育过程中，食管和气管都起源于前肠，在胚胎期3-6周时，在前肠两侧各有一沟，逐渐深入，将前肠分开为食管和气管。
母亲孕期患病、胎盘有不正常状态、遗传因素或尚不明的原因，可使食管、气管发育异常，形成先天性畸形
临床表现最常见而且最早出现的是婴儿唾液过多，咽部有粘液积聚，可能有呼吸道，而发生此症状。有时进食时出现呼吸困难和发绀。
到晚期时，因有食物吸入，小儿大都患肺炎，有不少小儿是在肺炎发生后才就医的。
查体大都发现口腔内积聚唾液，一般有脱水征象，在右肺上部可发现罗音。如食管下段和气管间有瘘道，可能使胃部充满气体，因而可有胃膨胀。
少数只有气管食管瘘，而食管通畅的病人，上述症状可不存在，有的人至成年期才出现进食时呼吸障碍或吸入性肺炎的症状。
所以，当新生儿进食时，常发生呕吐和呼吸系统症状，首先要考虑食管闭锁。当然也不排队其它各种原因，要通过做检查才能确诊。
检查方法：
1，细导管法：用于检查有无食管闭锁。
2，吞碘油X线照片法：将数滴碘油置于舌部，让小儿吞下，然后X线透视并拍片，观察有无碘油进肺的情况。无食道闭锁且症状不显著者较难确诊。
食管先天性异常的病人要手术治疗。
术前要纠正脱水，使用抗生不比治疗肺炎，改善一般情况。
此病预后不十分理想，因多见于早产儿，常合并其它严重的先天性疾病，故得以生存的小儿只有50%。
因此，妈妈妊娠时的健康是非常重要的。